目前我国乙脑疫苗有两种：乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗。
减毒活疫苗优点：类似自然感染过程，在机体内可以复制增殖，免疫作用时间长，1次免疫可产生持久免疫力；免疫效果较牢固，可形成局部或全身免疫。
缺点：不稳定，不易于保存和运输，易受光和热影响；疫苗中有可能污染不利的因子受循环抗体/病毒等因素影响，所有干扰微生物在体内繁殖的因素，都可引起免疫失败；在体内有毒力返祖的潜在危险性；免疫缺陷患者（如HIV感染）或正接受免疫抑制剂治疗的患者可引起严重或致命的反应。
灭活疫苗优点：较稳定，易于保存和运输；不受循环抗体影响；安全性好，能杀灭任何可能污染的生物因子；适用人群范围广，健康人群和免疫力低下的人群都可以接种。
缺点：在灭活过程中可能损害或改变有效的抗原决定簇，需多次注射，要进行加强免疫；产生免疫效果维持时间短，不产生局部抗体；通常只能通过肌内注射方式接种。
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